| Sumario: | Introducción: El zooplancton es el principal enlace entre los productores primarios y los siguientes niveles de la cadena trófica, en los arrecifes de coral representa una importante fuente de alimento, en estos ambientes comprende una amplia variedad de especies de diferentes grupos funcionales. Métodos: En el presente trabajo se analiza la estructura de la comunidad del zooplancton asociado a los sistemas arrecifales de la Isla del Coco, sus variaciones interanuales y como las variables físicas y químicas en diferentes épocas influencian la composición de especies. Las muestras se colectaron sobre los parches de arrecife de Bahía Weston, Bahía Wafer y Bahía Chatham en el sector norte de la Isla, en cuatro periodos, en 2009 a 2012, se realizaron arrastres horizontales con redes cilindro cónicas de 200 y 500 µm tamaño de poro, durante tres e cinco minutos respectivamente a diferentes horas del día. Resultados: Se identificaron 24 grupos taxonómicos dentro del Macrozooplancton y 22 dentro del Mesozooplancton. Mayores abundancias y biomasas se registraron en el Mesozooplancton. Copépodos, apendicularias e quetognatos fueron los grupos más abundantes, siendo afectadas sus abundancias por las variaciones en las variables físicas y químicas. Conclusiones: La comunidad zooplanctónica de los arrecifes coralinos en la Isla del Coco es semejante a aquellos sistemas arrecifales de zonas oceánicas bajo la influencia de aguas oceánicas, con una fauna conformada principalmente por copépodos, quetognatos y apendicularias y que dependiendo de las características oceanográficas imperantes las abundancias de estos grupos pueden cambiar.
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