Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor

Nuestro objetivo es adaptar secuencias de caracteres de ADN con cuatro estados provenientes de tres especies a un árbol filogenético tipo trípode, cuyo modelo evolutivo es Jukes-Cantor. Para ello, adaptamos el método del árbol más cercano utilizado en el ajuste de secuencias de 2 estados proveniente...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autor principal:	Álvarez González, Ernesto
Formato:	Online
Idioma:	eng
Publicado:	Universidad de Costa Rica, Centro de Investigación en Matemática Pura y Aplicada (CIMPA) 2023
Acceso en línea:	https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/matematica/article/view/50357

id	RMTA50357
record_format	ojs
spelling	RMTA503572024-08-09T17:19:40Z Adaptation of the closest tree method for a two state quartet to Jukes-Cantor tripod trees Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor Álvarez González, Ernesto Método del árbol más cercano Conjugación de Hadamard Ajuste de datos observados Reconstrucción filogenética Proceso de reducción Algoritmo Grobner cover Closest tree method Hadamard conjugation Phylogenetic reconstruction Observed data fitting Reduction process The Grobner cover algorithm We aim to fit 4-state sequences of DNA characters from three species to a tripod tree, whose evolutionary model is Jukes-Cantor. For this purpose, we adapt the closest tree method used in the fit of 2-state sequences coming from four species to a quartet, where the states are purines and pyrimidines and the evolutionary model is CFN. The adaptation requires a multi stage methodology called ‘reduction process’. We take the frequencies of 2-state character patterns on the quartet as parameters and search for solutions to the fit. Nuestro objetivo es adaptar secuencias de caracteres de ADN con cuatro estados provenientes de tres especies a un árbol filogenético tipo trípode, cuyo modelo evolutivo es Jukes-Cantor. Para ello, adaptamos el método del árbol más cercano utilizado en el ajuste de secuencias de 2 estados provenientes de cuatro especies a un cuarteto, donde los estados son purinas y pirimidinas y el modelo evolutivo es CFN. La adaptación requiere una metodología de múltiples etapas llamada ‘proceso de reducción’. Tomamos las frecuencias de los patrones de caracteres de 2 estados en el cuarteto como parámetros y buscamos soluciones para el ajuste. Universidad de Costa Rica, Centro de Investigación en Matemática Pura y Aplicada (CIMPA) 2023-01-19 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion Article application/pdf https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/matematica/article/view/50357 10.15517/rmta.v30i1.50357 Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones; Vol. 30 No. 1 (2023): Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones; 69-85 Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones; Vol. 30 Núm. 1 (2023): Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones; 69-85 Revista de Matemática; Vol. 30 N.º 1 (2023): Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones; 69-85 2215-3373 1409-2433 eng https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/matematica/article/view/50357/54404 Derechos de autor 2023 Ernesto Álvarez González http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0
institution	Universidad de Costa Rica
collection	Revista de Matemática: Teoría y Aplicaciones
language	eng
format	Online
author	Álvarez González, Ernesto
spellingShingle	Álvarez González, Ernesto Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
author_facet	Álvarez González, Ernesto
author_sort	Álvarez González, Ernesto
description	Nuestro objetivo es adaptar secuencias de caracteres de ADN con cuatro estados provenientes de tres especies a un árbol filogenético tipo trípode, cuyo modelo evolutivo es Jukes-Cantor. Para ello, adaptamos el método del árbol más cercano utilizado en el ajuste de secuencias de 2 estados provenientes de cuatro especies a un cuarteto, donde los estados son purinas y pirimidinas y el modelo evolutivo es CFN. La adaptación requiere una metodología de múltiples etapas llamada ‘proceso de reducción’. Tomamos las frecuencias de los patrones de caracteres de 2 estados en el cuarteto como parámetros y buscamos soluciones para el ajuste.
title	Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
title_short	Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
title_full	Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
title_fullStr	Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
title_full_unstemmed	Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor
title_sort	adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo jukes-cantor
title_alt	Adaptation of the closest tree method for a two state quartet to Jukes-Cantor tripod trees
publisher	Universidad de Costa Rica, Centro de Investigación en Matemática Pura y Aplicada (CIMPA)
publishDate	2023
url	https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/matematica/article/view/50357
work_keys_str_mv	AT alvarezgonzalezernesto adaptationoftheclosesttreemethodforatwostatequartettojukescantortripodtrees AT alvarezgonzalezernesto adaptaciondelmetododelarbolmascercanosobreuncuartetodedosestadosatripodestipojukescantor
_version_	1811744114171969536

Adaptación del método del árbol más cercano sobre un cuarteto de dos estados a tripodes tipo Jukes-Cantor

Ejemplares similares