Amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa y protocolos alternativos para pruebas COVID-19 a gran escala y de bajo costo: lecciones de una economía emergente

Introducción: la mayoría de los casos exitosos de mitigación y manejo de la pandemia de COVID-19 se han dado mediante pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas economías emergentes han tenido probl...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Segura-Ulate, Ismael, Bolívar-González, Alejandro, Madrigal-Redondo, Germán, Nuñez-Corrales, Santiago, Gatica-Arias, Andrés
Formato: Online
Idioma:eng
Publicado: Universidad de Costa Rica 2022
Acceso en línea:https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/rbt/article/view/47407
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spelling RBT474072022-10-17T16:25:58Z Reverse-Transcription Loop-Mediated Isothermal Amplification and alternative protocols for lower cost, large-scale COVID-19 testing: lessons from an emerging economy Amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa y protocolos alternativos para pruebas COVID-19 a gran escala y de bajo costo: lecciones de una economía emergente Segura-Ulate, Ismael Bolívar-González, Alejandro Madrigal-Redondo, Germán Nuñez-Corrales, Santiago Gatica-Arias, Andrés emerging economies molecular testing SARS-CoV-2 saliva loop mediated isothermal amplification economías emergentes pruebas moleculares SARS-CoV-2 saliva amplificación isotérmica mediada por bucle Introduction: Most successful cases of COVID-19 pandemic mitigation and handling have relied on extensive reverse-transcription quantitative polymerase chain reaction (RT-qPCR). However, many emerging economies have struggled with current molecular testing demands due to economic, technical and technological constraints. Objective: To define a potential diagnostic protocol to increase testing capacity in current and post-pandemic conditions. Methods: We reviewed the literature, patents and commercial applications, for alternatives. Results: We found a good potential in saliva samples, viral inactivation and quick RNA extraction by heating; the use of an isothermal technology such as loop mediated isothermal amplification (LAMP) and naked eye test-result visualization by in-tube colorimetry or turbidity. Conclusions: Saliva samples with quick RNA extraction by heating and colorimetric LAMP are promising options for countries with economic and infrastructure limitations. Introducción: la mayoría de los casos exitosos de mitigación y manejo de la pandemia de COVID-19 se han dado mediante pruebas basadas en la reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RT-qPCR por sus siglas en inglés). Sin embargo, muchas economías emergentes han tenido problemas con las demandas actuales de pruebas moleculares debido a limitaciones económicas, técnicas y tecnológicas. Objetivo: Definir un protocolo de diagnóstico potencial para aumentar la capacidad de prueba en las condiciones actuales y posteriores a la pandemia. Métodos: Revisamos la literatura, las patentes y las aplicaciones comerciales, en busca de alternativas. Resultados: Encontramos un buen potencial en muestras de saliva, inactivación viral y extracción rápida de ARN por calentamiento; el uso de una tecnología isotérmica como la amplificación isotérmica mediada por horquillas (LAMP, por sus siglas en inglés) y la visualización del resultado de la prueba a simple vista mediante colorimetría o turbidez en el tubo. Conclusiones: Las muestras de saliva con extracción rápida de ARN por calentamiento y LAMP colorimétrico son opciones prometedoras para países con limitaciones económicas y de infraestructura. Universidad de Costa Rica 2022-03-18 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion Article application/pdf text/html https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/rbt/article/view/47407 10.15517/rev.biol.trop..v70i1.47407 Revista de Biología Tropical; Vol. 70 No. 1 (2022): Revista de Biología Tropical (Rev. Biol. Trop.): Continuous publication, 01 January - 31 December 2022; 173–189 Revista de Biología Tropical; Vol. 70 Núm. 1 (2022): Revista de Biología Tropical (Rev. Biol. Trop.): Publicación continua, Enero - Diciembre 2022; 173–189 Revista Biología Tropical; Vol. 70 N.º 1 (2022): Revista de Biología Tropical (Rev. Biol. Trop.): Continuous publication, 01 January - 31 December 2022; 173–189 2215-2075 0034-7744 10.15517/rev.biol.trop..v70i1.2022 eng https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/rbt/article/view/47407/50374 https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/rbt/article/view/47407/50375 Copyright (c) 2022 Revista de Biología Tropical http://creativecommons.org/licenses/by/4.0
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