Evaluación de la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios

Evaluación de la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios

El diagnostico gold estándar (GSDP) para COVID-19 es amplificación del ARN viral mediante retrotranscripción y reacción en cadena de polimerasa en tiempo real (RT-qPCR), utilizando una muestra de hisopado nasofaríngeo (NPS), procesada con una extracción de ARN tradicional. Respecto a la muestra, se...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Ortega Pérez, Carlos Alexander, Rivera, Noe Rigoberto, Vindell, Juan José, Ayala, Marleny Yamileth
Formato: Online
Idioma:spa
Publicado: Secretaría de Investigaciones Cien´tíficas de la Universidad de El Salvador 2024
Acceso en línea:https://minerva.sic.ues.edu.sv/Minerva/article/view/373
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description El diagnostico gold estándar (GSDP) para COVID-19 es amplificación del ARN viral mediante retrotranscripción y reacción en cadena de polimerasa en tiempo real (RT-qPCR), utilizando una muestra de hisopado nasofaríngeo (NPS), procesada con una extracción de ARN tradicional. Respecto a la muestra, se han utilizado algunas sustituciones en el proceso diagnóstico, como muestras de saliva y secreción nasofaríngea con auto toma sin necesidad de utilizar hisopo con el objetivo para disminuir el tiempo, el costo de estas pruebas y principalmente reducir el riesgo biológico del personal sanitario. El dato utilizado de la RT-qPCR para su positividad o negatividad es el valor del ciclo umbral (Ct), pudiendo este dato aportar según algunos estudios una importante herramienta como valor pronostico en el contexto clínico epidemiológico del paciente, incidiendo en la toma de decisiones terapéuticas del personal sanitario, con un posible impacto positivo en la evolución clínica de los pacientes, sin embargo varios de los estudios publicados demuestran baja o en algunos casos ninguna  relación significativa entre el valor del Ct y la evolución clínica del paciente. OBJETIVO: Evaluar la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios. METODOLOGIA: Se procesaron 479 muestras de pacientes que cumplieron con los criterios de inclusión, la amplificación se realizó por dos protocolos ya estandarizados de RT-qPCR de los genes E y RdRp de SARS CoV2, 4 muestras positivas se secuenciaron por NGS para confirmación diagnóstica.  Se evaluaron los factores relacionados (signos y síntomas) con la carga viral SARS-CoV-2. Se determinó la carga viral, con base en la reacción de RT-qPCR y el valor umbral (CT). Se estratifico dos grupos; carga viral alta (Ct<30) y carga viral baja (Ct>30). Los datos se registraron en una planilla de excel, posteriormente fueron analizados con el software estadístico R 4.4.1. de Project for Statistical Computing. Se consideró significativos valores de p≤0,05, se midió la fuerza de la asociación con el Odds Ratio y sus intervalos de confianza (IC 95 %). RESULTADOS: De 479 muestras procesadas, 87 muestras fueron positivas, las variables mayor gravedad(N:3) y letalidad(N:1) agruparon en el Ct< 30, solo un paciente grave se agrupo en el Ct>30. El resto (N:84) sin mortalidad o gravedad se agruparon de forma similar en ambos grupos Ct<30 y Ct>30, en todos los casos con una débil o ninguna relación significancia respecto al umbral Ct (p ≥ 0.05). De igual forma no se observó un impacto significativo de la vacuna en el valor de Ct. CONCLUSIÓN: La utilidad del Ct como predictor de gravedad de COVID-19  y para otras infecciones virales respiratorias debería ser sometida a estudios más rigurosos, mientras tanto dada la información disponible y los resultados del presente estudio se confirman que la utilidad del umbral Ct en el pronóstico clínico de los pacientes COVID-19 se acompaña de ciertas limitaciones. En cualquier caso, si se utiliza el valor Ct como factor pronóstico de pacientes COVID-19, debe hacerse con precaución y conscientes de las limitaciones.
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spelling MINERVA3732024-11-29T17:20:11Z Evaluación de la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios Evaluation of the relationship between the cycle threshold (Ct) of RTqPCR and COVID-19 clinical symptoms in outpatients Ortega Pérez, Carlos Alexander Rivera, Noe Rigoberto Vindell, Juan José Ayala, Marleny Yamileth Diagnóstico muestra pruebas Diagnosis sample tests The gold standard diagnosis (GSDP) for COVID-19 is amplification of viral RNA by retrotranscription and real-time polymerase chain reaction (RT-qPCR), using a nasopharyngeal swab sample (NPS), processed with a traditional RNA extraction. Regarding the sample, some substitutions have been used in the diagnostic process, such as saliva and nasopharyngeal secretion samples with auto collection without the need to use a swab to reduce the time and cost of these tests and mainly to reduce the biological risk of health personnel. The data used in RT-qPCR for its positivity or negativity is the value of the threshold cycle (Ct), and according to some studies this data can provide an important tool as a prognostic value in the clinical epidemiological context of the patient, influencing the therapeutic decision making of health personnel, with a possible positive impact on the clinical evolution of patients; however, several of the published studies show low or in some cases no significant relationship between the Ct value and the clinical evolution of the patient. OBJECTIVE: To evaluate the relationship between RTqPCR cycling threshold (Ct) and clinical COVID-19 in outpatients. METHODOLOGY: 479 samples from patients who met the inclusion criteria were processed, amplification was performed by two already standardized RT-qPCR protocols of SARS CoV2 E and RdRp genes, 4 positive samples were sequenced by NGS for diagnostic confirmation.  Factors related (signs and symptoms) to SARS-CoV-2 viral load were evaluated. Viral load was determined based on RT-qPCR reaction and threshold value (CT). Two groups were stratified; high viral load (Ct<30) and low viral load (Ct>30). The data were recorded in an excel spreadsheet and subsequently analyzed with the statistical software R 4.4.1. from Project for Statistical Computing. Values of p≤0.05 were considered significant, the strength of the association was measured with the Odds Ratio and its confidence intervals (95% CI). RESULTS: Of 479 samples processed, 87 samples were positive, the highest severity(N:3) and lethality(N:1) variables clustered in Ct< 30, only one severe patient clustered in Ct>30. The rest (N:84) without mortality or severity clustered similarly in both groups Ct<30 and Ct>30, in all cases with a weak or no relationship significance with respect to the Ct threshold (p ≥ 0.05). Similarly, no significant impact of the vaccine on the Ct value was observed. CONCLUSION: The usefulness of Ct as a predictor of severity of COVID-19 and for other respiratory viral infections should be subjected to more rigorous studies, meanwhile given the available information and the results of the present study confirm that the usefulness of the Ct threshold in the clinical prognosis of COVID-19 patients is accompanied by certain limitations. In any case, if the Ct value is used as a prognostic factor in COVID-19 patients, it should be done with caution and awareness of the limitations. El diagnostico gold estándar (GSDP) para COVID-19 es amplificación del ARN viral mediante retrotranscripción y reacción en cadena de polimerasa en tiempo real (RT-qPCR), utilizando una muestra de hisopado nasofaríngeo (NPS), procesada con una extracción de ARN tradicional. Respecto a la muestra, se han utilizado algunas sustituciones en el proceso diagnóstico, como muestras de saliva y secreción nasofaríngea con auto toma sin necesidad de utilizar hisopo con el objetivo para disminuir el tiempo, el costo de estas pruebas y principalmente reducir el riesgo biológico del personal sanitario. El dato utilizado de la RT-qPCR para su positividad o negatividad es el valor del ciclo umbral (Ct), pudiendo este dato aportar según algunos estudios una importante herramienta como valor pronostico en el contexto clínico epidemiológico del paciente, incidiendo en la toma de decisiones terapéuticas del personal sanitario, con un posible impacto positivo en la evolución clínica de los pacientes, sin embargo varios de los estudios publicados demuestran baja o en algunos casos ninguna  relación significativa entre el valor del Ct y la evolución clínica del paciente. OBJETIVO: Evaluar la relación entre el umbral de ciclo (Ct) de la RTqPCR y la clínica de COVID-19 en pacientes ambulatorios. METODOLOGIA: Se procesaron 479 muestras de pacientes que cumplieron con los criterios de inclusión, la amplificación se realizó por dos protocolos ya estandarizados de RT-qPCR de los genes E y RdRp de SARS CoV2, 4 muestras positivas se secuenciaron por NGS para confirmación diagnóstica.  Se evaluaron los factores relacionados (signos y síntomas) con la carga viral SARS-CoV-2. Se determinó la carga viral, con base en la reacción de RT-qPCR y el valor umbral (CT). Se estratifico dos grupos; carga viral alta (Ct<30) y carga viral baja (Ct>30). Los datos se registraron en una planilla de excel, posteriormente fueron analizados con el software estadístico R 4.4.1. de Project for Statistical Computing. Se consideró significativos valores de p≤0,05, se midió la fuerza de la asociación con el Odds Ratio y sus intervalos de confianza (IC 95 %). RESULTADOS: De 479 muestras procesadas, 87 muestras fueron positivas, las variables mayor gravedad(N:3) y letalidad(N:1) agruparon en el Ct< 30, solo un paciente grave se agrupo en el Ct>30. El resto (N:84) sin mortalidad o gravedad se agruparon de forma similar en ambos grupos Ct<30 y Ct>30, en todos los casos con una débil o ninguna relación significancia respecto al umbral Ct (p ≥ 0.05). De igual forma no se observó un impacto significativo de la vacuna en el valor de Ct. CONCLUSIÓN: La utilidad del Ct como predictor de gravedad de COVID-19  y para otras infecciones virales respiratorias debería ser sometida a estudios más rigurosos, mientras tanto dada la información disponible y los resultados del presente estudio se confirman que la utilidad del umbral Ct en el pronóstico clínico de los pacientes COVID-19 se acompaña de ciertas limitaciones. En cualquier caso, si se utiliza el valor Ct como factor pronóstico de pacientes COVID-19, debe hacerse con precaución y conscientes de las limitaciones. Secretaría de Investigaciones Cien´tíficas de la Universidad de El Salvador 2024-11-29 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion application/pdf application/epub+zip https://minerva.sic.ues.edu.sv/Minerva/article/view/373 10.5377/revminerva.v7i4.19264 Revista Minerva: Revista Científica Multidisciplinaria de la Universidad de El Salvador; Vol. 7 Núm. 4 (2024): Vol. 7 Núm. 4 ( 2024): Revista Minerva. Número Especial en Ciencias Médicas y Salud; 21-34 Revista Minerva: Multidisciplinary Scientific Journal of the Universidad de El Salvador; Vol. 7 No. 4 (2024): Vol. 7 Núm. 4 ( 2024): Revista Minerva. Número Especial en Ciencias Médicas y Salud; 21-34 2521-8794 spa https://minerva.sic.ues.edu.sv/Minerva/article/view/373/334 https://minerva.sic.ues.edu.sv/Minerva/article/view/373/335 Derechos de autor 2024 Los autores que publican en la Revista Minerva acuerdan los siguientes términos: Los autores continúan como propietarios de sus trabajos, cediendo únicamente los derechos de difusión a la Revista Minerva bajo los estándares de la Licencia Creative Commons Atribución 4.0 Internacional (CC BY 4.0). Esta licencia permite que otros mezclen, adapten y construyan sobre el trabajo para cualquier propósito, incluso comercialmente, y aunque los nuevos trabajos también deben reconocer al autor inicial, no tienen que licenciar los trabajos derivados en los mismos términos. https://creativecommons.org/licenses/by/4.0

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