| Sumario: | Introducción: En Centroamérica, el ciclo selvático de la rabia es una carga sanitaria importante. El gobierno de Costa Rica monitorea los casos desde 1985 y aún se reportan infecciones por murciélagos en animales silvestres, ganado y humanos, lo que genera la necesidad de una mayor caracterización de estos patógenos en la región. Objetivo: Comparar análisis filogenéticos de rabia de genomas completos con estudios de genes de nucleoproteínas. Métodos: Para los análisis filogenéticos, utilizamos cuatro muestras de tejido antirrábico recolectadas en 2018 y generamos genomas completos mediante secuenciación de próxima generación (NGS). También extrajimos ARN de tejidos de casos confirmados y generamos ADNss utilizando varios cebadores. Se generó ADN de doble hebra y se utilizó para generar bibliotecas genómicas. Resultados: Describimos, por primera vez, el genoma completo de cuatro secuencias del virus de la rabia aisladas en Costa Rica en 2018. Los árboles del genoma completo se asemejaban a la topología de los árboles de genes de nucleoproteínas. Todos los aislamientos estaban relacionados con Desmodus rotundus. Un grupo de muestra en Lineage (L) 2, y el grupo de muestras restante en L1, coincidió con informes anteriores de virus de rabia regionales. Conclusión: Nuestro método produce “ensamblajes” virales válidos a partir de muestras clínicas sin enriquecimiento previo y sin aislamiento viral.
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