Expresión genética en Longissimus dorsi e hígado en dos etapas del crecimiento en cerdos

Expresión genética en Longissimus dorsi e hígado en dos etapas del crecimiento en cerdos

Introducción. La expresión genética varía en relación con la etapa fisiológica del cerdo y es diferente en músculo e hígado. Objetivo. Identificar los genes con expresión genética diferencial en los procesos biológicos del cerdo en los tejidos Longisimus dorsi e hígado, por medio del análisis de tra...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Lemus-Flores, Clemente, Bugarín-Prado, Job Oswaldo, Lemus-Avalos, Gilberto, Loeza-Concha, Henry
Formato: Online
Idioma:spa
Publicado: Universidad de Costa Rica 2024
Acceso en línea:https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57540
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description Introducción. La expresión genética varía en relación con la etapa fisiológica del cerdo y es diferente en músculo e hígado. Objetivo. Identificar los genes con expresión genética diferencial en los procesos biológicos del cerdo en los tejidos Longisimus dorsi e hígado, por medio del análisis de transcriptoma, durante la etapa de crecimiento (55 ± 1,05 kg) y la engorda final (101 ± 7,8 kg). Materiales y métodos. En la Unidad Académica de Agricultura de la Universidad Autónoma de Nayarit, México, durante el verano del 2019. Se consideraron 12 muestras totales, tres de músculo Longissimus dorsi y tres de hígado por etapa para la extracción de RNA y la secuenciación. Con el método DESeq2 se obtuvo diferencialmente la expresión génica de los Log2FC para Grupo Crecimiento vs Engorda Final del Longissimus dorsi e Higado y se identificó la función biológica de los genes con expresión genética diferencial. Resultados. En hígado se identificaron la mayor cantidad de genes con DEG y en el cromosoma 6 para Longissimus dorsi e higado. En Longissimus dorsi del Grupo crecimiento se expresaron los genes FUT1, SESN2 y FGF21 asociados al crecimiento, tambien se identificaron genes sin expresión como NR4A3, PDK4, PER1 y PTPRO los cuales estan involucrados en procesos del sistema inmune y ritmo circadiano. En hígado del Grupo crecimiento se expresaron los genes IHH y MYL7 y sin expresión MFSD2A, LIPG, THBS1, TGFB2, LTF y APOA4 como los más relacionados en procesos biológicos. Conclusiones. En Longissimus dorsi del grupo crecimiento los genes se relacionaron con el crecimiento y en engorda final con inmunidad, crecimiento y calidad de la carne. En hígado del grupo crecimiento los genes fueron relacionados con el crecimiento y en el grupo engorda final con inmunidad, crecimiento¸ metabolismo de nutrientes y lípidos, lipoproteínas y detoxificación.
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spelling AGROMESO575402024-01-17T14:01:43Z Gene expression in Longissimus dorsi and liver in two stages of growth in pigs Expresión genética en Longissimus dorsi e hígado en dos etapas del crecimiento en cerdos Lemus-Flores, Clemente Bugarín-Prado, Job Oswaldo Lemus-Avalos, Gilberto Loeza-Concha, Henry cromosome transcriptome DESeq2 method cromosoma transcriptoma método DESeq2 Introduction. It is said that genetic expression varies in relation to the physiological stage of the pig and the nutritional source, it is different in muscle and liver. Objective. Identify the genes that present differential genetic expression, through transcriptome analysis in Longissimus dorsi and liver, during growth and final fattening, differentiating them into two stages of pig fattening, growth group (55 ± 1.05 kg) and final group (101 ± 7.8kg). Materials and methods. 12 total samples were considered, three from Longissimus dorsi muscle and three from liver per stage for RNA extraction and sequencing. With the DESeq2 method, the gene expression of the Log2FC was obtained differentially for the Growth Group vs final fattening of Longissimus dorsi and Liver and the biological function of the DEG genes was identified. Results. The largest number of genes with DEG were identified in the liver and on chromosome 6 in Longissimus dorsi and liver. In Longissimus dorsi from the growth group with high expression, the genes FUT1, SESN2 and FGF21 associated with growth and with low expression, NR4A3, PDK4, PER1 and PTPRO involved in immune system processes and circadian rhythm were identified. In the liver of the Growth Group, with high expression, the IHH and MYL7 genes were identified, and with low expression, the genes MFSD2A, LIPG, THBS1, TGFB2, LTF and APOA4 were identified as those most involved in biological processes. Conclusions. In Longissimus dorsi from the growth group the genes were related to growth and in final fattening with immunity, growth and meat quality. In the liver of the growth group the genes were related to growth and in the final fattening group with immunity, growth, nutrient and lipid metabolism, lipoproteins and detoxification. Introducción. La expresión genética varía en relación con la etapa fisiológica del cerdo y es diferente en músculo e hígado. Objetivo. Identificar los genes con expresión genética diferencial en los procesos biológicos del cerdo en los tejidos Longisimus dorsi e hígado, por medio del análisis de transcriptoma, durante la etapa de crecimiento (55 ± 1,05 kg) y la engorda final (101 ± 7,8 kg). Materiales y métodos. En la Unidad Académica de Agricultura de la Universidad Autónoma de Nayarit, México, durante el verano del 2019. Se consideraron 12 muestras totales, tres de músculo Longissimus dorsi y tres de hígado por etapa para la extracción de RNA y la secuenciación. Con el método DESeq2 se obtuvo diferencialmente la expresión génica de los Log2FC para Grupo Crecimiento vs Engorda Final del Longissimus dorsi e Higado y se identificó la función biológica de los genes con expresión genética diferencial. Resultados. En hígado se identificaron la mayor cantidad de genes con DEG y en el cromosoma 6 para Longissimus dorsi e higado. En Longissimus dorsi del Grupo crecimiento se expresaron los genes FUT1, SESN2 y FGF21 asociados al crecimiento, tambien se identificaron genes sin expresión como NR4A3, PDK4, PER1 y PTPRO los cuales estan involucrados en procesos del sistema inmune y ritmo circadiano. En hígado del Grupo crecimiento se expresaron los genes IHH y MYL7 y sin expresión MFSD2A, LIPG, THBS1, TGFB2, LTF y APOA4 como los más relacionados en procesos biológicos. Conclusiones. En Longissimus dorsi del grupo crecimiento los genes se relacionaron con el crecimiento y en engorda final con inmunidad, crecimiento y calidad de la carne. En hígado del grupo crecimiento los genes fueron relacionados con el crecimiento y en el grupo engorda final con inmunidad, crecimiento¸ metabolismo de nutrientes y lípidos, lipoproteínas y detoxificación. Universidad de Costa Rica 2024-06-13 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion Article text texto application/pdf https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57540 10.15517/am.2024.57540 Agronomía Mesoamericana; 2024: Early view; 57540 Agronomía Mesoamericana; 2024: Visualización anticipada; 57540 Agronomía Mesoamericana; 2024: Early view; 57540 2215-3608 1021-7444 spa https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57540/60219 Copyright (c) 2024 Clemente Lemus-Flores, Job Oswaldo Bugarín-Prado, Gilberto Lemus-Avalos, Henry Loeza-Concha https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0

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