Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 2
Introducción. La identificación y detección de microorganismos a partir de técnicas moleculares se ha convertido en un insumo de gran ayuda para el diagnóstico de enfermedades, y de microorganismos presentes en los cultivos. Organismos patogénicos, no patogénicos, controladores biológicos y microorg...
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| Publicado: |
Universidad de Costa Rica
2024
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| Acceso en línea: | https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57347 |
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AGROMESO57347 |
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Universidad de Costa Rica |
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Agronomía Mesoamericana |
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Blanco-Meneses, Mónica |
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Blanco-Meneses, Mónica Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 2 |
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Introducción. La identificación y detección de microorganismos a partir de técnicas moleculares se ha convertido en un insumo de gran ayuda para el diagnóstico de enfermedades, y de microorganismos presentes en los cultivos. Organismos patogénicos, no patogénicos, controladores biológicos y microorganismos utilizados como competidores, antagonistas o mutualistas pueden aislarse de cultivos agrícolas, ornamentales y forestales. Objetivo. Identificar a nivel taxonómico mediante técnicas moleculares, bacterias y levaduras patogénicas y no patogénicas en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales de Costa Rica, y conservar el material en un banco de muestras de ADN. Materiales y métodos. Entre los años 2009 y 2018 el Laboratorio de Técnicas Moleculares del Centro de Investigación en Protección de Cultivos de la Universidad de Costa Rica recibió un total de 181 aislamientos de bacterias y levaduras para detección por medio de PCR tiempo final y tiempo real; e identificación por medio de la secuenciación de regiones específicas. Resultados. Del total de muestras el 94,2 % se analizó por medio de secuenciación y el 5,8 % por PCR. Por medio de detección por PCR en el cultivo de arroz se identificaron bacterias como Burkholderia spp., Acidovorax avenae y Pseudomonas fuscovaginae. Por medio de la secuenciación de la región parcial de 16S se identificaron 172 muestras de especies de bacterias, y cinco muestras de especies de levaduras con la región ITS del ARN ribosomal 18S. Se identificaron microorganismos aislados a partir de dieciocho especies de plantas agrícolas, ornamentales y forestales; entre estos Pseudomonas, Bacillus y Enterobacter y en el caso de levaduras Candida, Pichia y Wickerthamomyces. Conclusión. Esta investigación permitió identificar a nivel taxonómico bacterias y levaduras provenientes de cultivos de Costa Rica. Además, se desarrolla un insumo de consulta y la posibilidad de utilizar a futuro los microorganismos que se encuentran conservados dentro de un banco de muestras de ADN. |
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Molecular identification of microorganisms in agriculture, ornamental and forest crops in Costa Rica, 2009-2018. Part 2 |
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AGROMESO573472024-01-04T16:58:33Z Molecular identification of microorganisms in agriculture, ornamental and forest crops in Costa Rica, 2009-2018. Part 2 Identificación molecular de microorganismos en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales en Costa Rica, 2009-2018. Parte 2 Blanco-Meneses, Mónica molecular identification oligonucleotides bacteria yeast microbiota identifiación molecular oligonucleótidos bacteria levadura microbiota Introduction. The identification and detection of microorganisms using molecular techniques has become a very helpful tool for the disease diagnosis, and other microorganisms present in crops. Pathogenic, non-pathogenic organisms, biological controllers, and other microorganisms used as competitors, antagonists, or mutualists can be isolated from agriculture, ornamental, and forest crops. Objective. Taxonomically identify, using molecular techniques, pathogenic and non-pathogenic bacteria and yeast isolated in agriculture, ornamental, and forest crops in Costa Rica and preserve the material in a DNA bank. Materials and methods. Between 2009 and 2018, the Molecular Techniques Laboratory, at the Plant Protection Research Center, Universidad de Costa Rica, received a total of 181 isolates of bacteria and yeast for detection by end-time and real-time PCR; and identification through sequencing of specific regions. Results. Of the total samples, 94.2 % were analyzed by sequencing and 5.8 % by PCR. Using PCR, bacteria species were identified in rice, such as Burkholderia spp., Acidovorax avenae, and Pseudomonas fuscovaginae. Through sequencing of the partial 16S region, 172 samples of bacterial species were identified, and five samples of yeast species with the ITS region of the 18S ribosomal RNA. Microorganisms isolated from eighteen species of agricultural, ornamental, and forest plants were identified. The genera most identified were Pseudomonas, Bacillus, and Enterobacter, and in the case of yeast Candida, Pichia, and Wickerthamomyces. Conclusion. This research allowed us to taxonomically identify bacteria and yeast from crops in Costa Rica. In addition, a consultation input is developed, and the possibility of future use of the microorganisms that are preserved at the DNA bank. Introducción. La identificación y detección de microorganismos a partir de técnicas moleculares se ha convertido en un insumo de gran ayuda para el diagnóstico de enfermedades, y de microorganismos presentes en los cultivos. Organismos patogénicos, no patogénicos, controladores biológicos y microorganismos utilizados como competidores, antagonistas o mutualistas pueden aislarse de cultivos agrícolas, ornamentales y forestales. Objetivo. Identificar a nivel taxonómico mediante técnicas moleculares, bacterias y levaduras patogénicas y no patogénicas en cultivos agrícolas, ornamentales y forestales de Costa Rica, y conservar el material en un banco de muestras de ADN. Materiales y métodos. Entre los años 2009 y 2018 el Laboratorio de Técnicas Moleculares del Centro de Investigación en Protección de Cultivos de la Universidad de Costa Rica recibió un total de 181 aislamientos de bacterias y levaduras para detección por medio de PCR tiempo final y tiempo real; e identificación por medio de la secuenciación de regiones específicas. Resultados. Del total de muestras el 94,2 % se analizó por medio de secuenciación y el 5,8 % por PCR. Por medio de detección por PCR en el cultivo de arroz se identificaron bacterias como Burkholderia spp., Acidovorax avenae y Pseudomonas fuscovaginae. Por medio de la secuenciación de la región parcial de 16S se identificaron 172 muestras de especies de bacterias, y cinco muestras de especies de levaduras con la región ITS del ARN ribosomal 18S. Se identificaron microorganismos aislados a partir de dieciocho especies de plantas agrícolas, ornamentales y forestales; entre estos Pseudomonas, Bacillus y Enterobacter y en el caso de levaduras Candida, Pichia y Wickerthamomyces. Conclusión. Esta investigación permitió identificar a nivel taxonómico bacterias y levaduras provenientes de cultivos de Costa Rica. Además, se desarrolla un insumo de consulta y la posibilidad de utilizar a futuro los microorganismos que se encuentran conservados dentro de un banco de muestras de ADN. Universidad de Costa Rica 2024-06-13 info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion Article text texto application/pdf https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57347 10.15517/am.2024.57347 Agronomía Mesoamericana; 2024: Early view; 57347 Agronomía Mesoamericana; 2024: Visualización anticipada; 57347 Agronomía Mesoamericana; 2024: Early view; 57347 2215-3608 1021-7444 spa https://revistas.ucr.ac.cr/index.php/agromeso/article/view/57347/60217 Copyright (c) 2024 Mónica Blanco-Meneses https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0 |