| Sumario: | El cáncer colorrectal es una enfermedad compleja en la que se produce un crecimiento descontrolado de células anormales en el intestino grueso (colon o recto). El estudio de antígenos específicos de tumor (neoantígenos), moléculas que interactúan con el sistema inmunológico, se ha explorado ampliamente como una posible terapia llamada vacuna contra el cáncer en silico. Los estudios de vacunas contra el cáncer han sido impulsados por las tecnologías actuales de secuenciación de ADN de alto rendimiento. Sin embargo, no existe un protocolo bioinformático universal para estudiar antígenos tumorales con datos de secuenciación de ADN.
Proponemos un protocolo bioinformático para detectar antígenos específicos de tumores asociados con variantes de un solo nucleótido (SNV) o “mutaciones” en el cáncer colorrectal y su interacción con alelos HLA frecuentes (complejo que presenta antígenos a las células inmunes) en el Valle Central de Costa Rica. población. Usamos datos públicos del exoma humano (regiones de ADN que producen productos funcionales, incluidas proteínas). Se implementó un análisis de llamada variante para detectar SNV específicos del tumor, en comparación con el tejido sano. A continuación, predecimos y analizamos los péptidos (fragmentos de proteínas, los antígenos específicos del tumor) derivados de estas variantes, en el contexto de su afinidad con los alelos frecuentes de HLA tipo I de la población costarricense.
Encontramos 28 SNV no silenciosos, presentes en 26 genes. El protocolo produjo 23 péptidos ligantes fuertes derivados de los SNV para alelos frecuentes (más del 8%) para la población costarricense en los loci HLA-A, B y C. Se concluye que el protocolo estandarizado logró identificar neoantígenos y esto puede considerarse un primer paso para el eventual diseño de una vacuna contra el cáncer colorrectal para pacientes costarricenses. Hasta donde sabemos, este es el primer estudio de una vacuna contra el cáncer en silico que utiliza datos de secuenciación de ADN en el contexto de los alelos HLA de Costa Rica.
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