Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015

Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015

El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env)codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial,actualmente se han identificado nueve subtipos de V...

Descripción completa

Detalles Bibliográficos
Autores principales: Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala, Lau-Bonilla, Dalia; Clínica de Asociación de Salud Integral
Formato: Online
Idioma:spa
Publicado: Universidad de San Carlos de Guatemala 2019
Acceso en línea:http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/view/1180
id QYF1180
record_format ojs
spelling QYF11802019-11-28T17:12:51Z Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015 Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala Lau-Bonilla, Dalia; Clínica de Asociación de Salud Integral VIH; VIH-1; subtipificación; subtipo B El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env)codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial,actualmente se han identificado nueve subtipos de VIH-1 y 58 formas recombinantescirculantes (FRC). En Centroamérica, el subtipo B del VIH-1 es el causante de lamayoría de los casos de VIH positivo; en Guatemala se ha reportado la presencia desubtipo B, de formas recombinantes BF1 y del subtipo C; sin embargo, actualmenteno existen análisis filogenéticos que indiquen las variantes de este subtipo. Debido a loanterior, el objetivo del estudio fue llevar a cabo la subtipificación de 400 secuencias dela región pol del VIH-1 obtenidas de 400 pacientes VIH-1 positivos, en una clínica deatención integral de Guatemala del 2010 al 2015. Para determinar los distintos subtiposde VIH-1 presentes en Guatemala se realizó la subtipificación de las secuencias obtenidaspor la prueba de genotipo en formato FASTA, con la herramienta REGA HIV-1Subtyping Tool Version 3.0. Con el fin de determinar la relación entre las variantesde VIH-1, se realizó un alineamiento de secuencias y árboles filogenéticos utilizandoel método Neighbor Joining y Máxima Verosimilitud con 100 réplicas bootstrap, conel programa MEGA 7.0.21. Se determinó que el subtipo con mayor frecuencia de lassecuencias analizadas es el subtipo B con un (71.5 %), seguido de la forma recombinanteBD (16.75 %) y el subtipo B-like (7.75 %). Universidad de San Carlos de Guatemala 2019-11-28 info:eu-repo/semantics/article Artículo revisado por pares info:eu-repo/semantics/publishedVersion application/pdf text/html http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/view/1180 Revista Científica de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia; Vol 1, No 29 (2019) spa http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/view/1180/1045 http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/view/1180/html http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/downloadSuppFile/1180/11
institution Universidad de San Carlos de Guatemala
collection Revista Científica de la Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia
language spa
format Online
author Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala
Lau-Bonilla, Dalia; Clínica de Asociación de Salud Integral
spellingShingle Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala
Lau-Bonilla, Dalia; Clínica de Asociación de Salud Integral
Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
author_facet Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala
Lau-Bonilla, Dalia; Clínica de Asociación de Salud Integral
author_sort Oliva-Castillo, Ana; Escuela de Estudios de Postgrado, Facultad de Ciencias Químicas y Farmacia, Universidad de San Carlos de Guatemala
description El genoma del VIH contiene nueve genes, tres de estos genes (gag, pol y env)codifican proteínas estructurales. Existen dos variantes principales de este virus, VIH-1y VIH-2. El primero es el causante de la mayoría de las infecciones a nivel mundial,actualmente se han identificado nueve subtipos de VIH-1 y 58 formas recombinantescirculantes (FRC). En Centroamérica, el subtipo B del VIH-1 es el causante de lamayoría de los casos de VIH positivo; en Guatemala se ha reportado la presencia desubtipo B, de formas recombinantes BF1 y del subtipo C; sin embargo, actualmenteno existen análisis filogenéticos que indiquen las variantes de este subtipo. Debido a loanterior, el objetivo del estudio fue llevar a cabo la subtipificación de 400 secuencias dela región pol del VIH-1 obtenidas de 400 pacientes VIH-1 positivos, en una clínica deatención integral de Guatemala del 2010 al 2015. Para determinar los distintos subtiposde VIH-1 presentes en Guatemala se realizó la subtipificación de las secuencias obtenidaspor la prueba de genotipo en formato FASTA, con la herramienta REGA HIV-1Subtyping Tool Version 3.0. Con el fin de determinar la relación entre las variantesde VIH-1, se realizó un alineamiento de secuencias y árboles filogenéticos utilizandoel método Neighbor Joining y Máxima Verosimilitud con 100 réplicas bootstrap, conel programa MEGA 7.0.21. Se determinó que el subtipo con mayor frecuencia de lassecuencias analizadas es el subtipo B con un (71.5 %), seguido de la forma recombinanteBD (16.75 %) y el subtipo B-like (7.75 %).
title Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
title_short Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
title_full Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
title_fullStr Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
title_full_unstemmed Análisis filogenético de variantes de VIH-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de VIH-1, período 2010-2015
title_sort análisis filogenético de variantes de vih-1, mediante la subtipificación de las secuencias de la región pol de vih-1, período 2010-2015
publisher Universidad de San Carlos de Guatemala
publishDate 2019
url http://www.revistasguatemala.usac.edu.gt/index.php/qyf/article/view/1180
work_keys_str_mv AT olivacastilloanaescueladeestudiosdepostgradofacultaddecienciasquimicasyfarmaciauniversidaddesancarlosdeguatemala analisisfilogeneticodevariantesdevih1mediantelasubtipificaciondelassecuenciasdelaregionpoldevih1periodo20102015
AT laubonilladaliaclinicadeasociaciondesaludintegral analisisfilogeneticodevariantesdevih1mediantelasubtipificaciondelassecuenciasdelaregionpoldevih1periodo20102015
_version_ 1805403839679954944

Ejemplares similares